以下の方法でIndependent modeに設定します。
Matrox PowerDeskの「Multi-Display Setup」を開き、「Basic Configurations」から「Use?Independent mode」を選択します。
「Select a configuration」メニューから画面構成を選択します。「2 Independent」を選択すると2つの独立したデスクトップとして認識されます。画面構成を選択したら「OK」をクリックしてます。
「Multi-Display Setup」に戻り、「Output setting for」から「Display1」または、「Display2」を選択して、個別にディスプレイの設定を行います。「OK」または、「Apply」をクリックして設定を確定します。