エンコードユニットのHDMIアウト、D-SUB15アウトは、エンコードの結果を反映していますか?

反映していません。エンコード作業前の信号となります。エンコードユニットのHDMIインに接続した信号は、エンコードユニット内のアンプで加工することができます。HDMIアウト、D-SUB15アウトからの出力は、アンプで加工した後の信号です。この信号をエンコードして送信します。